Der Blautopf ist eine 22 Meter tiefe trichterförmige Karstquelle. Gespeist wird sie von den Regenfällen der Schwäbischen Alb. Auf einer Fläche von rund 160 km² versickert das Wasser im durchlässigen Karstgestein und sammelt sich in einem unterirdischen Fluss- und Höhlensystem. Nach nur wenigen Tagen kommt es am Blautopf wieder zum Vorschein. Je nach Wetterlage schüttet die Quelle im Durchschnitt rund 2.300 Liter in der Sekunde. Nach starken Regenfällen steigt die Schüttung auf über 30.000 Liter in der Sekunde. Die Wassertemperatur beträgt ganzjährig rund 9 Grad.
Die intensive Färbung der Quelle ensteht durch das einfallende Tageslicht. Alle Farben bis auf Blau werden beim Eintauchen in das tiefe Wasser verschluckt, alleine Blau wird reflektiert und damit für uns sichtbar. Die millionenfache Brechung an den Kalkpartikeln im Wasser intensiviert diesen Farbeffekt. Das Quellwasser fließt danach vom Blautopf über die Blau in die 22 km entfernte Donau bei Ulm.
Der Blautopf ist einer der 36 Geopoints des UNESCO Global Geopark Schwäbische Alb.